一、内设机构

（一）综合管理机构（8个）：办公室、科学技术处（项目管理处）、财务处、装备基建处、人事教育处、党委办公室（群团处）、纪检审计处、安全和保密处

（二）技术业务机构（16个）：地质力学理论研究室、地壳运动研究室、活动构造研究室、地应力研究室、极地与月球地质研究室、第四纪地质和生态与气候研究室、能源研究室、地热研究室、矿田构造研究室、工程地质与地质灾害研究室、地质安全风险评价研究室、地质安全工程研究中心、喜马拉雅地球科学实验场、北京十三陵地球观象台、地球科学数据中心（信息化室）、计量测试与标准定额室

（三）其他部门（2个）：李四光纪念馆办公室、后勤服务中心

二、 条件平台

自然资源部活动构造与地质安全重点实验室

自然资源部古地磁与古构造重建重点实验室

自然资源部北京地壳应力应变野外科学观测研究站

自然资源部地质灾害陕西宝鸡野外科学观测研究站

自然资源部地应力工程技术创新中心

中国地质调查局油气地质力学重点实验室

中国地质调查局地应力测量与监测重点实验室

中国地质调查局新构造与地壳稳定性研究中心

中国地质调查局极地地学研究中心

三、 挂靠机构

中国地质学会地质力学专业委员会、第四纪地质与冰川专业委员会、古地磁专业委员会，中国地球物理学会构造物理化学专业委员会，国际工程地质与环境协会新构造与地质灾害专委会（IAEG-C24）秘书处、中国地质灾害防治工程行业协会地质灾害治理工程监理专业委员会